Der kürzlich verstorbene Architekt Martin Heinrich Burckhardt (1921–2007) hatte 1961 einen Fonds gegründet, um mit einer Sammlung von Zeichnungen, Aquarellen und Gouachen des 20. Jahrhunderts an seinen Vater Karl August Burckhardt (1879–1960) zu erinnern. Bis heute trägt diese Stiftung, seit 1999 unter der Präsidentschaft von Tom Koechlin, wesentlich zum Ausbau der Sammlung des Kupferstichkabinetts und damit auch zum internationalen Rang des Kunstmuseums Basel bei.
Die mittlerweile über 1000 Werke von mehr als 60 Künstlerinnen und Künstlern werden hier als unbefristete Deposita der Freiwilligen Akademischen Gesellschaft aufbewahrt. Den Grundstock bildete eine Gruppe von Zeichnungen des Bildhauers Amedeo Modigliani; hinzu kamen bedeutende Werke von Juan Gris, Pablo Picasso, Félix Vallotton, Giovanni Giacometti, August Macke, Oskar Schlemmer, Otto Meyer-Amden, Fernand Léger, Alberto Giacometti, Louis Soutter, Max Ernst und anderen mehr.
Im dritten Teil der Ausstellung werden Zeichnungen von Künstlern gezeigt, die in den letzten Jahrzehnten des 20. Jahrhunderts entstanden sind. Zu ihnen gehören Arbeiten von Georg Baselitz, Jonathan Borofsky, Martin Disler, Helmut Federle, Leiko Ikemura, Mimmo Paladino, Markus Raetz, Anselm Stalder, André Thomkins, Rosemarie Trockel, Richard Tuttle und anderen.