Die Kunstkommission begleitet, berät und unterstützt die Museumsdirektion. Sie entscheidet im Wesentlichen über Ankäufe, Schenkungen und Vermächtnisse und bewilligt Leihgaben aus der Sammlung des Museums. Ihre Mitglieder werden vom Regierungsrat des Kantons Basel-Stadt und von der Universität Basel gewählt