Die Emanuel Hoffmann-Stiftung wurde 1933 von Maja Hoffmann-Stehlin, spätere Maja Sacher-Stehlin (1896–1989), gegründet, um das mit ihrem jung verstorbenen Ehemann begonnene Engagement für die Kunst der Gegenwart weiterzuführen. Von Anfang an verfolgte Maja Sacher-Stehlin in konsequenter Weise die drei Hauptziele ihrer Stiftung: Sammeln, Konservieren und Vermitteln von zukunftsgerichteter Kunst. 1941 vertraute sie die Sammlung als Dauerleihgabe der Öffentlichen Kunstsammlung Basel an, und 1980 initiierte und ermöglichte sie den Bau eines der weltweit ersten Museen für Gegenwartskunst – das heutige Kunstmuseum Basel Gegenwart.

Das Stiftungskapital garantiert bis heute einem unabhängigen Stiftungsrat die kontinuierliche Weiterführung der Sammlung. Diese ist inzwischen so umfangreich, dass nur noch ein kleiner Teil der Werke im Kunstmuseum Basel | Gegenwart ausgestellt werden kann. Die jeweils nicht ausgestellten Werke der Sammlung der Emanuel Hoffmann-Stiftung haben seit 2003 ihr Zuhause im Schaulager.